为加大对科研人员激励力度，《暂行办法》进一步完善了科研项目间接费用管理，提出了含金量更高、激励力度更大的措施。

一是间接费用核定比例。省重点研发项目间接费用按照不超过直接费用扣除设备购置费后的一定比例核定，核定比例与《国务院办公厅关于改革完善中央财政科研经费管理的若干意见》（国办发〔2021〕32号）保持一致，500万元及以下部分为不超过30%；超过500万元至1000万元的部分为不超过25%；超过1000万元以上的部分为不超过20%。同时，根据省重点研发项目的特点，针对设备依赖程度低和实验材料耗费少的基础研究、软件开发、集成电路等智力密集型项目，间接费用比例可提高到不超过60%。

二是间接费用管理主体。间接费用在总额范围内由牵头承担单位与合作单位协商分配，由项目承担单位统筹安排使用。

三是间接费用管理要求。项目承担单位可将间接费用全部用于绩效支出，并向创新绩效突出的团队和个人倾斜。绩效支出安排应当与科研人员在项目工作中的实际贡献挂钩，并根据项目实施进展情况分阶段支出，项目执行期内可安排绩效支出的50%，项目验收通过后支出剩余部分。项目终止、不通过验收的，不得继续安排绩效支出。